El Comitè PERNIS és l'òrgan de l'ICO encarregat de gestionar el programa PERNIS. Les seves funcions són discutir i decidir qualsevol aspecte que faci referència al projecte, en concret: la metodologia, la coordinació, la cessió de dades a tercers, la gestió dels possibles recursos econòmics que en un futur puguin sorgir, etc.

Aquest Comitè està format per experts en el seguiment de l'avifauna i/o en la migració de rapinyaires. Actualment, els membres del Comitè PERNIS són: Fran Trabalon, Emili Bassols, Jordi Dalmau, Jordi Nicolau, Rodrigo del Amo, Francesc Llimona, Sergi Herrando, Marc Peris, Cisco Guasch, Jordi Sala, Marc Bertran, Marc Anton i Oriol Baltà.

El Comitè es reuneix anualment en sessions ordinàries un cop acabada la temporada de cens, per bé que, a part d'aquesta, es poden convocar les reunions extraordinàries que es considerin necessàries.

Les decisions del Comitè s'executen des de la coordinació del PERNIS que, d'igual forma que la resta de projectes d'ornitologia que coordina l'ICO, són una funció de l'Àrea d'Ornitologia Aplicada, que en aquests moments coordina en Sergi Herrando.