L'Atles dels ocells nidificants de Catalunya 1999-2002 va ser un projecte de l'Institut Català d'Ornitologia que va tenir com a objectiu establir la distribució de les poblacions d'ocells nidificants de Catalunya i mesurar-ne els canvis des del període cobert pel primer atles dels ocells de Catalunya (1975-1983). El llibre es va publicar a finals de 2004.

L'Atles va ser un projecte de l'ICO realitzat amb el suport del Departament de Medi Ambient de la Generalitat de Catalunya i l'Obra Social Caixa Catalunya.