L'Anuari d'Ornitologia de Catalunya és un projecte de l'ICO coordinat des de l'Àrea d'Ornitologia Aplicada que té com objectiu principal la creació d'un banc de dades ornitològic que pugui servir com a font per a futurs estudis i com a eina per a l'avaluació de l'estat de conservació de l'avifauna catalana.

Un dels objectius de l'Anuari, possiblement el més conegut, és la seva publicació. Actualment ja han estan publicats tres Anuaris d'Ornitologia de Catalunya, els corresponents als anys 1996, 1997 i 1998, i estan en procés de redacció els dels anys 1999 i 2000.

L'Anuari d'Ornitologia de Catalunya és el projecte més popular de l'ICO. No hi cap altre projecte on es pugui col·laborar de forma més senzilla, ni on es pugui trobar informació de totes i cadascuna de les comarques catalanes. Com a referència de la seva popularitat, només dir que en els darrers anys hi han participat més de 1500 ornitòlegs.